KLASİK PCR ile REAL TIME PCR arasındaki temel fark : PCR sonundaki ürünler (amplikonlar) saptanır ve analiz edilir.
REAL TIME PCR de ise PCR devam ederken ortaya çıkan ürünler saptanmaya başladığı anda değerlendirilmeye alınır.
REAL TIME PCR'de DNA'ya bağlanan boyalar floresan veren ve işaretli problar ile gerçekleştirilir.
PCR'de ise DNA çoğaltılmasında özgül problarla saptama yapılır.