HPLC'de tamponlar genellikle pH'ı sabit tutmak için mobil fazlarda kullanılır. Doğru pH seçimi peak’in şeklinden, ayrımına kadar etkisi olan bir unsurdur.
LC-MS’de iyonlaşabilir analitleri analiz ederken genellikle tampon eklenir. Bunun gibi bileşikler için, mobil fazın pH'ı, iyonize veya iyonize olmayan formda olup olmadıklarını belirler. Çünkü iyonize türler her zaman daha önce ters fazlı LC için kolondan ayrıştırılır. pH değişirse, sonuçlar tutarsız olacaktır.
Ayrıca bazı tamponlar adduct(eklenti) yapmak için de kullanılır. LC-MS’de bazı analitlerde iyonlaşma şiddeti iyi alınamadığı durumlarda kullanılır.