Protein numuneleri önce homojenize edilir. Bu işlem mekanik bir işlemdir. Özellikle doku örneklerinde mekanik parçalama çok önemlidir. ardından denatüre edilerek dördüncül yapıları açılarak primer hale getirilir. düzlemsel hale getirilen örnekler alkillenerek sülfür bağlarının tekrardan kapanması engellenir. Ardından saflaştırma işlemleri yapılır ve saf protein elde edilir. Saflaştırma işlemleri genellikle filtreler yardımıyla protein yapısı dışındaki küçük moleküllerin seçici geçirgen filtreler ile uzaklaştırılması prensibine dayanır.
Eğer istenirse tripsin gibi proteaz enzimleriyle proteinler peptit düzeyine parçalanabilir. Burada yapılan işlem elde edilmek istenen sonuca göre tercih edilir.